(2)輔助設備重而體積大。目前燃料電池電動汽車大多數是采用氫氣作為燃料，但氫氣的制取、儲存、運輸和灌裝還沒有實現規?；?，安全保護要求高。采用氫氣作為燃料需要特種儲存罐（高壓、低溫和防護），罐體體積大，占用空間大。目前使用成本也很高，給燃料電池電動汽車的使用帶來不便。在采用甲醇、汽油等燃料的燃料電池系統中，需要通過重整器對甲醇、汽油等燃料進行重整后才能制取氫氣。目前重器、凈化器和其輔助裝置在燃料電池電動汽車上所占的體積和重量都較大，還必須進一步解決其小型化和輕量化的問題。
(3)起動時間長并需提高系統耐振動能力。采用甲醇或汽油等作為燃料時，需要通過重整器進行重整，一般需要1 0 min以上才能產生足夠的氫氣，比內燃機起動的時間長得多，影響了車輛的機動性。燃料電池發動機系統包括燃料電池本身和各種輔助備，在車輛受到振動或沖擊時，各種管道的連接和密封的可靠性需要進一步提高，以防止發生氫泄漏，降低氫的利用率，影響燃料電池的效率，嚴重時還會引發氫氣燃燒事故。由于要求嚴格的密封，使得燃料電池的制造工藝很復雜，并給使用和維護帶來困難。
